行动部：部长虞望舒（部门制服黑色）
侦查部：部长望月樱（部门制服银色）
科研部：部长Tiffany（部门制服白色）
后勤部：部长常酒意（部门制服深海蓝色）
天启部：部长唐若初（部门制服生命绿色）
部长不需要穿制服。
五个部门将两海市分为五个区域，曙光组织的成员按照各自部门在五个区居住。
组织总部大楼位于两海市几何中心点，称“双子大厦”。双子大厦A座为办公区域，双子大厦B座为任务交接区域。
墨吏组织（活在当下，及时行乐）
总部位于鎏金区鎏金城，十二人精英组织，管理整个鎏金区。
鎏金城：墨清晏、姜允熙
洞庭市：龙玄晖（仡芈玄晖）、Victoria·Windsor（温莎）、Fritz·Kolbe（弗里茨·科尔贝）
永春城：帕拉瓦、相知许
两岸市：墨夺燕、玉罕愿萃、鄂不弃（鄂嫩不弃）、塔莉娅、江翩婉
四圣谛组织（宗教类组织）
位于四圣谛城四圣谛区，阶级森严，分为婆罗门、刹帝利、吠舍和首陀罗四个等级。
其中，以婆罗门六人（象征六道轮回之意）为核心：
男：路巴吉亚·库马尔、穆罕默德·希万什、梅纳德（Maynard）
女：谢诗琳（Serene Xie）、阮德兰、武楼渡
野草组织
净土城唯一的组织，组织内成员自称“荒野猎人”，组织以赏金体系为核心，只要付得起相应的代价，就可以雇佣自己选择的荒野猎人完成自己要做的事情。
神的伊甸组织（宗教类组织）
总部位于伊甸区Garden of Eden（伊甸城），以基督教会天主教结构为核心，致力于探索进化者极限，认为人的潜力是无穷的。
造神计划产物：Evangel（小福）
Garden of Eden（伊甸城）：玛利亚Maria（教皇）、艾黛丽Adri（红衣主教）
Tower of Babel （巴别塔城）：尼科拉斯Nicolas（旧红衣主教）、伊斯卡里奥特Iscariot（新红衣主教）
Jehovah Shaah（耶和华沙玛城）：伯尔纳德Bernard（红衣主教）
此外，大主教六位、主教十八位、教父若干、信徒若干。
乌勒尔 Uhler
只活跃在北纬40°以上的冰原上，拥有先进的冰原探索能力和生存能力。
妈祖之后
只活跃在海洋上，是航海业垄断组织。
神谕世界 The Oracle World
成员遍布核纪元大陆。
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